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商业运营职能通常划分为中药检测室、化学药物检测室、生物制品检测室、抗生素检测室、药效研究室、药品包装材料检测室以及标准品实验室等多个检测部门。除此之外，通常还会单独设立一些业务管理部门，包括业务技术管理层、质量管控办公室、仪器设备管理室、综合办公部、人力资源与教育培训科以及财务科。
其中，业务技术管理室与信息技术科应保持紧密关联。
送往食品药品监督管理部门或其他经法定程序确认为食品安全检测机构的食品，需要由这些机构出具检测报告。根据待测样品和具体检测项目的差异，食品检验机构所收取的检测费用也会有所变化。常见的食品检测指标，如致病菌指标、食品添加剂等，每一项检测费用大致在80至120元之间，而最终的收费总额则取决于实施检测的项目数量。
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